Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 1 Kota Prabumulih berdiri pada tahun 1995. Sebelum resmi menggunakan nama MAN 1 Kota Prabumulih, nama sempat dipergunakan.  adalah Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Prabumulih. Selanjutnya sejak tahun 2016 MAN Prabumulih berganti nama menjadi Madrasah Aliyah Negeri 1 Kota Prabumulih sesuai Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 676 Tahun 2016 tanggal 17 November 2016 perihal Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri, dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Sumatera Selatan. Perubahan nama MAN Prabumulih menjadi  MAN 1 Kota Prabumulih resmi digunakan pada 30 Agustus 2017 sesuai surat edaran Kepala Kantor Wilayah Provinsi Sumatera Selatan, Nomor: B-1739/Kw.06.4/PP.00/08/2017, perihal perubahan nama Madrasah Aliyah Negeri dengan Kepala Madrasah Drs. Muhammad Amin, MM.

Sebelum menjadi MAN Prabumulih, cikal bakal MAN Prabumulih  adalah MAS Ash-Shodiqin yang berdiri  pada tahun 1987, diinisisasi oleh Para Pendidik MTs Negeri 1 Kota Prabumulih.